تعتبر فكرة إنشاء جامعة إسلامية على مستوى المؤسسات الحكومية للتعليم العالي في ماليزيا إحدى مساعي الحكومة الرشيدة، وجهودها التي تبذلها تجاه التقليص إلى الحد الأدنى للنقص والقصور الموجودة لدى المثقفين والكوادر الماليزيين في معرفتهم عن العلوم الإسلامية. وقد أعلن عن هذا المقترح في بداية أمره معالي وزير التعليم في ذلك الحين داتؤ سري/ نجيب تون عبد الرزاق، بدائرة (باسير فوتيه) بولاية كلنتن، في 14 من يونيو 1996م.

وبعد سنة كاملة من طرح الفكرة والهدف المعني، وذلك في 14 من يونيو 1997م، بمنطقة (بسوت) بولاية ترنغانو، أصدر معالي وزير التعليم السابق في ذلك الحين داتؤ سري/ نجيب تون عبد الرزاق تعميماً رسمياً بإنشاء كلية الجامعة الإسلامية الماليزية (كويم).  بعد أن اعتمد مجلس الوزراء موافقته بالمشروع المقترح في 11 يونيو عام 1997.

وتعتبر إنشاء هذه الجامعة أمنية الحكومة منذ سنوات طوال. وهي إحدى أجندات الخطة الخمسية التي رسمتها الجامعة في سبيل توليد قادات مسلمين يُعتمد عليهم في نهضة البلاد والأمة الإسلامية. بالإضافة إلى هذا، فإن الحكومة تهدف إلى جعل ماليزيا أنموذجاً رئيسياً للدول الإسلامية في العالم، ومركزاً مميزاً للتربية والتعليم من خلال طريقة استخدام المناهج اللاصفية المحلية لضمان سلامة المناهج التربوية الإسلامية في البلاد لتحقيق بناء الحضارة الإسلامية. وهي بحد ذاتها تهدف إلى استعادة مكانة العلوم الإسلامية التي آخذت في التدهور.

والجدير بالذكر، فإن إنشاء (كويم) ستوفر فرصاً للطلاب الماليزيين المتخرجين من المرحلة الثانوية، من المدارس الدينية بكل أنواعها، لمواصلة دراساتهم العليا في الجامعات في تخصصات العلوم الإسلامية دون أن يتغروا إلى جامعات الشرق الأوسط. وهذه الخطوة في حد ذاتها خطوة إيجابية في تقليل عبء الحكومة في إرسالها الطلبة الماليزيين إلى خارج البلاد. وفوق هذا كله، فإن الحكومة تنوي من خلال تنفيذ هذه المخططات على إيجاد مركزاُ متميزاً في ماليزيا يخرج منه علماء كوادر في العلوم الإسلامية.

وقد صرَّح معالي وزير التربية والتعليم السابق داتؤ سري/ محمد نجيب تون عبدالرزاق قائلاً: “إن لم تكن هناك مقدرة من قبل الدول الإسلامية الأخرى  على تحمل هذا العبء، فماليزي ستتكفل به نيابة عنهم في إنشاء مركز إسلامي متميِّز، لا يُنْظَر إلى الدين الإسلامي الحنيف نظرة تخلف تحفُّظ، بل يهدف إلى نهضة الدين الإسلامي وتقدمه في مختلف المجالات العلمية “.

وفي الثالث عشر من يونيو لعام 1997م أصدر مجلس الوزراء موافقته، وتعميده على إنشاء (كويم)، وقرر بأن تكون اللغة التعليمية المستخدمة فيها هي اللغة العربية. وفي الثاني عشر من مارس 1998م أصدرت الصحف والأخبار المحلية قرار مجلس الوزراء والتعميد الصادر منها، وتم الإعلان عن (كويم) رسمياً. وقد كانت الفكرة من أساسها صادرة من وزير التربية والتعليم السابق، داتؤ سري نجيب تون عبد الرزاق. ودعمها رئيس الوزراء في ذاك الحين، تون دكتور محاضير محمد.

وتم تنفيذ الفكرة بالفعل. وترأس اللجنة التنفيذية للمشروع البرفسور داتؤ دكتور عبد الشكور حاج حسين، الذي كان عميداً لكلية الدراسات الإسلامية بالجامعة الوطنية. والأستاذ المشارك الدكتور عبدالله محمد زين، المحاضر بالجامعة الوطنية الماليزية في ذاك الوقت ومستشار الشؤون الدينية بمجلس  الشورى بولاية ترنغانو. وكذلك الدكتور محمد يوسف نور، وأيضاً معهم الوزير بمكتب رئاسة الوزراء الدتور عبدالحميد عثمان. وعيِّن السيد حاج عدنان عبد الرحمين أمين التسجيل. كما عُيِّنت السيدة روحاني أبو أمينةْ للصندوق.

وكان من المفروض على الحكومة أن تبدأ في إنشاء (كويم) في عام 1998م عقب الإعلان عنه في الصحف والأخبار الرئيسية. فقد كان التخطيط أن تتخذ (كويم) حرم الجامعة الإسلامية العالمية بمنطقة (بيتالينغ جايا) مقراً مؤقتاً لها، حيث أن الأخيرة انتقلت إلى حرمها الرئيسي الدائم بمنطقة (قومباء). بيْد أن الأزمة الاقتصادية العالمية التي حلَّت على البلاد في تلك السنة أجبرت الحكومة إلى تأجيل تنفيذ المشروع إلى العام المقبل.
وقد بدأت (كويم) مهامها وأعمالها الجليلة  في الطابق الخامس في مبنى كلية الدراسات الإسلامية، بالجامعة الوطنية الماليزية (). ومع أول شهر يوناير لعام 2000، تم التوقيع على مذكرة التفاهم بين كل من هيئة الشؤون الدينية بالولاية الفدرالية ()، وكلية الجامعة الإسلامية الماليزية ())، ومؤسسة بيت المال المهنية (). وقد مثل هيئة الشؤون الدينية بالولاية الفدرالية معالي الوزير بمكتب رئاسة الزراء، داتؤ، دكتور/ عبد الحميد عثمان. وكان ممثل كلية الجامعة الإسلامية الماليزية () سعادة داتؤ دكتور/ عبد الشكور حاج حسين. بينما كان ممثل مؤسسة بيت المال المهنية مديرها العام تان سري/ حنفية أحمد.

بعدها انتقلت (كويم) إلى منطقة (كابونغ باندان) في مبنى معهد بيت المال المهني. وهناك كانت أول دفعة من الطلاب تستقبلها (كويم). وهي دفعة السنة الدراسية 2000/2001 ، التي كان عددها 255 طالباً. وفي مرحلتها المبكرة هذه، قدَّمت لهذه الدفعة ثلاثة برامج دراسية، وهي:  دراسات في الشريعة والقضاء، دراسات في القرآن الكريم والينة النبوية، دراسات في الدعوة والإدارة الإسلامية. وهي في الكليات الثلاثة الأولى:  كلية الشريعة والقانون، كلية القرآن والسنة، وكلية الدعوة والإدارة الإسلامية.