L’idée de base sur la création de l’INFAD a été évoquée par YBhg Tan Sri Dato’ Dr Mohd Yusof Hj. Mohd Noor, le Président du Conseil d’Administration de USIM. Cette intention a été annoncée au grand public dans une conférence de presse qui a eu lieu le 6 août 2002. Ensuite,  une réunion de la Haute Comité de USIM ; présidé par le recteur de USIM, Y.Bhg Prof. Dato’ Dr Abdul Shukor Husin, le 9 août 2002, s’est mis d’accord sur la  décision de nommer un comité pour préparer une proposition visant à la création de cet institut. La nomination de ce comité a été fait par le recteur le 27 août 2002. La proposition a été approuvée dans la 11e réunion du Conseil d’Université le 18 octobre 2002 et par la suite approuvée dans la 6e réunion du Conseil d’Administration de USIM le 28 novembre 2002. 

La création de l’INFAD joue un rôle important conformément à la mission de USIM de créer plusieurs centres par excellences et aussi d’explorer tous les moyens et de rétablir les traditions de connaissances islamiques appropriés à la situation actuelle et aussi à la technologie moderne. 

L’INFAD a été inauguré le 26 mai 2003 par Y.Bhg. Brig. Jen. (B) Dato’ Seri Abdul Hamid Hj. Zainal Abidin, le ministre au Cabinet du Premier Ministre.