Ayant un statut d’un institut international, qui possède de l’importance et des fonctions globales, l’INFAD est placé sous la direction d’un conseil consultatif qui est le Majlis Penasihat INFAD. Les membres de ce conseil sont nominés parmi les experts en fatwa locaux ou internationaux et ce conseil est présidé par le recteur de USIM. Ce conseil a pour mission de donner des conseils sur la direction des activités principales et des besoins actuels de l’institut.  

L’INFAD est présidé par un Directeur et il est assisté par un Assistant de Chef de la Division de la Scolarité de USIM et 7 autres personnes qui sont responsable de gérer les sept sections principales :

• La Section de Recherches

• La Section de Consultations et de Services d’Experts

• La Section de Relations et de Réseaux Internationaux

• La Section de Publications

• La Section de Séminaires et de Discours

• La Section de Ressources et de Documentations

• La Section de Technologies de l’Information et de la Communication et du Système de Gestion de Fatwa