صولجان جامعة العلوم الإسلامية الماليزية هدية من صاحب السعادة وزير التربية نيابة عن الحكومة، رمزاً لسلطة الجامعة. ويستخدم هذا الصولجان في المراسم الرسمية للجامعة، مثل الاحتفال بالعيد العلمي )حفلة التخرج( والاحتفال بتعيين المستشار للجامعة. وهو يحتوي على رموز تقع في خمسة أقسام، لكل قسم دلالته الخاصة به :

القسم الأول

شعار الجامعة وشعار حكومة ماليزيا: يدل على أن الجامعة إحدى الجامعات الحكومية التي تحافظ دائما على وحدة الدولة وسيادتها.
الدينار الذهبي ذو الوجهين، الأمامي والخلفي: يدل على أن الجامعة تسعى جاهدة لإعادة مجد الحضارة الإسلامية من خلال الاهتمام الخاص بمجال الاقتصاد الإسلامي.
القبة التي تحتوي على رموز مستقبلية علمية وتكنولوجية: تدل على أن الجامعة هي الجامعة الإسلامية الوحيدة التي تركّز على العلوم الإسلامية وتواكب التقدم العلمي والتكنولوجي.
الزخارف الإسلامية: تدل على اهتمام الجامعة بعنصر الجمال والفن الإسلامي.

القسم الثاني

ستة أعمدة تدعم قاعدة الشعلة: تدل على أن أركان الإيمان الستة هي دائما بمثابة الأساس في بناء العلم وكل ما يتعلق به.

القسم الثالث

أربعة عشر جزءا تتحد اتحادا وثيقا وترمز إلى عدد الولايات في ماليزيا: تدل على أن جميع هذه الولايات تؤيد وتدعم رسالة وتطلعات الجامعة في رفع مستوى الدراسات الإسلامية وفقا لمتطلبات العصر..

القسم الرابع

مقتطفات من الآيات القرآنية التي تحتوي على معاني شعار الجامعة وهو “العلم، والنظام، والتقوى” إضافة إلى ثلاث آيات 9، التي تدل على الحث وتشجيع طلب العلم وإقامة : 58 ، والزمر 39 : 282 ، والمجادلة 11 : أخرى وهي من: سورة البقرة 2
الدين والحث على الاستقامة والالتزام بتقوى الله تعالى.