Cokmar Universiti Sains Islam Malaysia telah diserahkan kepada Universiti Sains Islam Malaysia oleh Yang Berhormat Menteri Pendidikan Malaysia bagi pihak Kerajaan Malaysia sebagai lambang kuasa Universiti. Cokmar ini digunakan dalam upacara-upacara rasmi Universiti seperti Majlis Konvokesyen dan Majlis Pemasyhuran Perlantikan Canselor. Ia mengandungi simbol-simbol yang terletak dalam lima bahagian yang mengandungi konsep-konsepnya yang tersendiri :
Bahagian Pertama
-
Logo Universiti dan logo Kerajaan Malaysia yang melambangkan USIM adalah sebahagian daripada institusi pengajian tinggi Kerajaan yang sentiasa memelihara keutuhan dan kedaulatan Negara.
-
Dinar emas yang dibelah dua iaitu di bahagian permukaan dan belakang melambangkan bahawa USIM berhasrat mengembalikan tamadun Islam terutama menerusi bidang ekonomi.
-
Kubah yang terdiri daripada kepingan-kepingan berunsurkan sains dan teknologi bersifat futuristik melambangkan USIM sebagai satu-satunya institusi pengajian tinggi Islam yang berfokuskan keilmuan Islam tetapi berteraskan tradisi ilmu berasaskan sains dan teknologi terkini sebagai payung kepada tradisi keilmuan.
-
Ukiran bercorak Islam melambangkan keprihatinan Universiti terhadap aspek estetika dan kesenian Islam.
Bahagian Kedua
Tapak obor disokong dengan enam tiang melambangkan Rukun Iman yang sentiasa menjadi teras pengembangan ilmu dan semua hal berkaitan ilmu
Bahagian Ketiga
Tautan padu empat belas kepingan dengan lambang negeri-negeri di Malaysia melambangkan negeri-negeri di Malaysia menyokong dan mendokong misi dan wawasan ilmu Universiti ini dalam memartabatkan pengajian Islam yang sesuai dengan tuntutan semasa.
Bahagian Keempat
Petikan ayat Quran yang mengandungi maksud moto Universiti iaitu “Berilmu, Berdisiplin dan Bertakwa” dan tiga potongan ayat daripada gabungan ayat-ayat daripada surah Al-Baqarah 2:282, Al-Mujadalah 58:11 dan Az-Zumar 39:9 yang membawa maksud suruhan mencari ilmu, menegakkan agama, mendisiplinkan diri dan sentiasa bertakwa kepada Allah.
Bahagian Kelima
Ukiran geometrik 12 garisan yang bercantum kesemuanya pada satu titik di atas dan titik di bawah melambangkan Universiti ini adalah universiti pengajian tinggi awam ke 12 yang ditubuhkan oleh Kerajaan Malaysia dan termasuk dalam arus perdana pendidikan Negara.
Ukiran bercirikan Islam yang mengandungi jalinan motif-motif seni yang terangkum antara satu dengan lain melambangkan kesepaduan pentadbiran, Fakulti dan pengurusan serta dinamisme program pengajian dalam menjayakan wawasan, misi dan objektif Universiti.