USIM beroperasi di kampus tetapnya di Bandar Baru Nilai, Negeri Sembilan Darul Khusus. Ia terletak berhampiran Lapangan Terbang Antarabangsa Kuala Lumpur (KLIA) dan Putrajaya, dan hanya 40 minit ke Kuala Lumpur, Shah Alam dan Seremban.
Sementara itu, Fakulti Pergigian beroperasi di Kampus Perubatan, di Menara B, Persiaran MPAJ, Pandan Indah , Kuala Lumpur.